Reaksi Negara-negara ASEAN

Reaksi indonesia

Pada peringkat awal, pemerintah Indonesia tidak menunjukkan sebarang reaksi terhadap pembentukan Malaysia. Menteri luar Indonesia , Dr subandrio pernah menyata secara terbuka dalam akhbar New York Times bertarikh 13 November 1961 bahawa Indonesia tidak menghalang penubuhan ini . Pada akhir tahun 1962 barulaha muncul bantahan terhadap pembentukan Malaysia kerana terdapat beberapa faktor . antara faktor Sukarno berasa Tunku Abdul Rahman membelakangi jiranya yang terbesar apabila membuat pengumuman tanpa berunding denganya terlebih dahulu . Selain itu, penubuhan Malaysia dipercayai mengagalkan racangan sukarno untuk menubuhkan empayar Indonesia Raya (melayu raya). Konfrontasi memuncak sehingga mengakibatkan penglibatan tentera . tentera Indonesia bertindak menyerang sempadan seperti sabah, Sarawak dan pantai barat johor . beberapa langkah telah diambil oleh Persekutuan Tanah Melayu dan kerajaan British anataranya menubuhkan MAPHILINDO .  Hubungan tegang antara Malaysia dan Indonesia berpanjangan sehinggalah Jeneral Suharto menjatuhkan regim Sukarno pada Sept 1965 dan menghantar Menteri Luar Indonesia, Adam Malik untuk memulihkan hubungan dengan Malaysia.Akhirnya Thai menjadi orang tengah dan rundingan diadakan pada tahun 1966 yang diwakili oleh Tun Abdul Razak dan Adam Malik.

Reaksi Filipina

Presiden Diosdado Macapagal menuntut ketuanan Filipina ke atas Sabah yang merupakan sebahagian daripada wilayah Kesultanan Sulu pada bulan Jun 1962. Tuntutan ini berdasarkan perjanjian yang ditandatangani pada 22 Januari 1878 antara Sultan Sulu Sultan Jamalul Alam dengan Baron Von Overbeck yang kemudiannya menjual kepada Alfred Dent. Syarikat Alfred kemudiannya mendapat Piagam DiRaja British. Pada tahun 1881 bertukar nama kepada Syarikat Berpiagam Borneo Utara (SBBU-SBUB) .Pada tahun 1946 SBBU menyerahkan Sabah kepada kerajaan British dan ditamatkan oleh waris Sultan Sulu iaitu Sultan Esmail Kiram pada 22 Januari 1958.president macapagal telah membuat kecaman secara terbuka terhadap penubuhan Malaysia semasa kongres Filipina pada 28 januari 1963.peristiwa ini menyebabkan hubungan diplomatic antara persekutuan tanah melayu dengan Filipina terjejas.walaupun Filipina meneruskan tuntutan mereka selepas penubuhan Malaysia , tuntutan ini gagal kerana tinjauan dan siasatan membuktikan penduduk sabah sendiri dengan rela hati menyertai pembentukan Malaysia .